Molecule Studio 教程

ChemVault Molecule Studio 是分子结构查看、建模输入和三维可视化工具。它包含网站端 Molecule Studio 和 Apple App。

入口

网站端：https://model.chemvault.science/molecule
核心功能可匿名使用。
登录后可进入 Profile、My Molecules、Settings 等账号空间入口。

工作台布局

网站端采用左右分区。

区域	用途
2D Input Workspace	搜索、输入 SMILES、绘制、上传文件或加载 PDB。
3D Output Workspace	查看三维结构、属性、显示模式和导出。

Search by Name / CID

适合用名称或 PubChem CID 快速加载小分子。

示例：

water
ethanol
benzene
caffeine
aspirin
CID 2244

加载后可查看名称、CID、分子式、分子量、SMILES、InChI 和 InChIKey。

选择输入方式

输入方式	适合场景
Search	已知常见名称或 PubChem CID。
SMILES	已有结构字符串，需要快速生成三维视图。
Draw	需要画简单结构、环或官能团。
Upload	已有 `.mol`、`.sdf`、`.xyz`、`.pdb`、`.cif` 等结构文件。
PDB	需要查看蛋白、核酸或复合物结构。

Enter SMILES

SMILES 是线性分子结构表示法。你可以粘贴或手动输入 SMILES，然后点击 Load SMILES。

示例：

O
CCO
c1ccccc1
CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O

常用操作：

Load SMILES
Clear
Copy SMILES

Draw Molecule

Draw 用于基础二维结构绘制。

支持：

select
move
erase
clear
single bond
double bond
triple bond
aromatic bond
wedge bond
dashed bond
common elements
full periodic table
undo / redo
ring templates
functional group templates

适合绘制基础结构、常见环和常用官能团。复杂稠环、完整立体化学或高级反应编辑建议用 Search、SMILES 或文件上传。

Upload Structure File

网站端单个文件上限为 8 MB。

支持格式：

.mol
.sdf
.xyz
.pdb
.cif
.smi
.smiles
.txt

SMILES 文本文件会读取首个有效结构字符串。

Load PDB Structure

PDB 模式用于加载蛋白质或核酸结构。

示例：

1CRN
4HHB
1BNA

加载后可显示 PDB 标题、实验方法和分辨率等元数据。

3D Viewer

三维查看器支持：

Ball and stick
Stick
Sphere
Line
Cartoon
Surface
Space-filling
浅色、深色和透明背景
显示或隐藏氢原子
显示或隐藏原子标签
重置视角
导出 PNG 视图

显示模式选择

模式	适合用途
Ball and stick	教学、报告和一般结构查看。
Stick	查看键连关系和骨架。
Sphere / Space-filling	观察体积、空间占据和表面拥挤。
Line	大结构快速查看。
Cartoon	蛋白或核酸二级结构。
Surface	大分子表面形状和结合区域。

Structure Details

Structure Details 面板显示：

name
source
CID
PDB ID
file name
molecular formula
molecular weight
exact mass
SMILES
InChI
InChIKey
LogP
TPSA
hydrogen bond donors
hydrogen bond acceptors
rotatable bonds
ring count
heavy atom count
formal charge

导出

支持导出：

SMILES
Molfile
SDF
XYZ
PDB
PNG 三维视图图片

常见错误处理

名称搜索不到时，改用 PubChem CID 或 SMILES。
SMILES 加载失败时，检查括号、环编号、芳香性和非法字符。
PDB 加载失败时，确认 ID 是四位编号。
三维视图为空时，清空后重新加载结构，并切换显示模式。
上传文件失败时，检查格式和 8 MB 限制。

Apple App

Apple App 提供 Search、SMILES、Draw、PDB、Library、Account。详情见 Apple App 教程。