8.6 如何从 MM plot 读参数

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详细内容

从 saturation curve：

plateau 给 Vmax。
Vmax 除以 [E]T 得 kcat。
v = Vmax/2 时对应的 [S] 是 Km。

课件例子：

enzyme A: kcat = 10 s^-1, Km = 10 uM，kcat/Km = 1.0 uM^-1 s^-1。
enzyme B: kcat = 3 s^-1, Km = 2 uM，kcat/Km = 1.5 uM^-1 s^-1。
若以 catalytic efficiency 比较，B 更好。

Workshop 例子：

condition 1: kcat = 1000 s^-1, Km = 1 mM，kcat/Km = 1000 s^-1 mM^-1。
condition 2: kcat = 30 s^-1, Km = 0.1 mM，kcat/Km = 300 s^-1 mM^-1。
condition 1 的 catalytic efficiency 更高。

深入讲解

从 MM plot 读参数要先确认纵轴是什么。如果纵轴是 v，plateau 是 Vmax；如果纵轴已经是 V/[E] 或 kobs，则 plateau 可直接给 kcat。Km 是达到半最大速率时的 substrate concentration。

比较“better enzyme”要看问题条件。若 substrate 很高，kcat 大的 enzyme 可能更快；若 substrate 很低，kcat/Km 更能代表效率。课件例子中 kcat 较低但 Km 更低的 enzyme，可因 kcat/Km 更高而在低底物条件下更好。

原文小点逐条解释

原文小点： plateau 给 Vmax。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： Vmax 除以 [E]T 得 kcat。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： v = Vmax/2 时对应的 [S] 是 Km。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： enzyme A: kcat = 10 s^-1, Km = 10 uM，kcat/Km = 1.0 uM^-1 s^-1。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： enzyme B: kcat = 3 s^-1, Km = 2 uM，kcat/Km = 1.5 uM^-1 s^-1。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： 若以 catalytic efficiency 比较，B 更好。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： condition 1: kcat = 1000 s^-1, Km = 1 mM，kcat/Km = 1000 s^-1 mM^-1。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： condition 2: kcat = 30 s^-1, Km = 0.1 mM，kcat/Km = 300 s^-1 mM^-1。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。
原文小点： condition 1 的 catalytic efficiency 更高。
- 讲解： 这个小点是在说明如何从 MM plot 读 kcat、Km 或 kcat/Km；要先看坐标和 plateau/half-plateau。

做题和复习时怎么用

计算 kcat/Km 时统一单位。10 s^-1 / 10 uM = 1 uM^-1 s^-1；30 s^-1 / 2 uM = 15 uM^-1 s^-1，如果课件单位不同要按图中标注处理。

常见误区

说酶改变反应平衡，而不是降低 activation barrier。
把 Km 简单等同于 Kd，忽略 kinetic model 条件。