16.4 Kd/MM kinetics 题

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详细内容

Kd：

• Kd = [P][L]/[PL]。
• Kd 小，binding 强。
• 90% bound 近似需要 [L]free = 9Kd，但 high [P] 时要考虑 mass balance。

MM：

• 读 Vmax plateau。
• Km 是 half-maximal velocity 对应的 [S]。
• kcat = Vmax/[E]T。
• 比较 enzyme efficiency 常用 kcat/Km。

深入讲解

Kd 和 MM kinetics 都是 equilibrium/kinetic thinking，但含义不同。Kd 描述 binding equilibrium；Km 来自 enzyme kinetic model，常与 substrate concentration at half Vmax 相关。

做题时先判断问的是 binding 还是 catalysis。binding 问 fraction bound、Kd、ligand concentration；enzyme kinetics 问 v、Vmax、Km、kcat、kcat/Km。混用公式是高频错误。

原文小点逐条解释

• 原文小点： Kd = [P][L]/[PL]。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： Kd 小，binding 强。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： 90% bound 近似需要 [L]free = 9Kd，但 high [P] 时要考虑 mass balance。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： 读 Vmax plateau。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： Km 是 half-maximal velocity 对应的 [S]。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： kcat = Vmax/[E]T。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。
• 原文小点： 比较 enzyme efficiency 常用 kcat/Km。
  • 讲解： 这个小点是 Kd/MM kinetics 题型；先区分 binding equilibrium 和 enzyme velocity，再选公式。

做题和复习时怎么用

binding: Kd=[P][L]/[PL]，90% bound 需 [L]free=9Kd。enzyme: v=kcat[E]T[S]/(Km+[S])，kcat=Vmax/[E]T，efficiency=kcat/Km。

常见误区

• 只背定义，不解释结构如何导致功能。
• 答题时缺少“因为…所以…”的因果链。

关联知识点

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