17. 一页总复习

本章导读

必须熟练的公式：

pH = pKa + log([A-]/[HA])
Kd = [P][L]/[PL]
v = kcat [E]T [S] / (Km + [S])
Vmax = kcat [E]T
catalytic efficiency = kcat/Km
Primer Tm approx. = 2(A+T) + 4(G+C)

必须能解释的概念：

hydrophobic effect 是 entropy-driven。
buffer 在 pH = pKa 附近最有效。
protein fold environment 可大幅改变 pKa。
L-amino acids、D-sugars 的生物偏好。
peptide/glycosidic/phosphodiester bonds 的方向性。
anomer、mutarotation、reducing sugar。
cis unsaturation 降低 fatty acid melting point。
membrane selective permeability。
enzyme specificity 来自 active site geometry。
cofactors 扩展 amino acids 的有限反应性。
allostery 通过 R/T states 改变活性。
competitive inhibition：Vmax unchanged, apparent Km increased。
DNA -> RNA -> protein 的分子参与者。
PCR primers 必须写 5’->3’。
plasmid features: ORI, marker, GOI/regulatory elements。
CRISPR-Cas9 = guide RNA targeting + Cas9 cutting。
ALE 作用于 whole organism fitness；DE 作用于 protein/gene function screening。

最重要的跨章节连接：

水环境决定 pH/pKa、疏水效应和 membrane formation。
amino acid sequence 决定 folding，但 function 需要 dynamics。
enzyme catalysis 依赖 protein structure、cofactors 和 transition state stabilization。
DNA sequence 变化会影响 protein sequence/function，从而产生 evolution 或 engineering outcome。
biotechnology 本质上是把 molecular biology、enzyme chemistry 和 evolution principles 组合使用。