11.2 Base pairing

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详细内容

基本配对：

• A-T in DNA。
• A-U in RNA。
• G-C。

配对的本质是 H-bond donor/acceptor pattern 和几何互补。G-C 通常氢键更多，因此 GC-rich regions 往往 Tm 更高；这也是 primer Tm 粗略估算中 GC 给 4 度、AT 给 2 度的原因。

深入讲解

base pairing 依赖 donor/acceptor pattern、大小匹配和 helix geometry。purine-pyrimidine 配对保持双螺旋宽度稳定；A-T/U 与 G-C 的 H-bond pattern 保证 specificity。

GC-rich DNA 通常更稳定，因为 G-C pair 有更多 H-bonding 和 stacking contribution。PCR primer Tm 简化公式把 GC 计 4、AT 计 2，就是利用这个经验规律。

原文小点逐条解释

• 原文小点： A-T in DNA。
  • 讲解： 这个小点是在说明 base pairing；互补 donor/acceptor pattern、purine-pyrimidine geometry 和 stacking 决定特异性与稳定性。
• 原文小点： A-U in RNA。
  • 讲解： 这个小点是在说明 base pairing；互补 donor/acceptor pattern、purine-pyrimidine geometry 和 stacking 决定特异性与稳定性。
• 原文小点： G-C。
  • 讲解： 这个小点是在说明 base pairing；互补 donor/acceptor pattern、purine-pyrimidine geometry 和 stacking 决定特异性与稳定性。

做题和复习时怎么用

问“which bases pair and why”时写 A with T/U, G with C, due to complementary H-bond donors/acceptors and purine-pyrimidine geometry.

常见误区

• 忘记 nucleic acid 和 primer 都按 5->3 方向书写。
• 只列工具名称，不说明每个 DNA element 或 enzyme 的功能。

关联知识点

• primer design
• plasmids