16.1 pKa/charge state 题
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步骤：
- 写出所有 ionisable groups。
- 标出给定 pKa。
- 用 pH 与 pKa 比较判断主要质子化状态。
- 若要求比例，用 Henderson-Hasselbalch。
- 若在 protein environment 中，判断 charged/protonated/deprotonated form 是否被稳定。
常见陷阱：
- 忽略 termini。
- 只用 textbook pKa，不考虑 salt bridge/apolar environment。
- 把 His、Cys 这类接近 physiological pH 的 residues 判断得过于绝对。
pKa/charge state 题的核心是状态比较。每个 ionisable group 都有 protonated 和 deprotonated form；pH 与 pKa 决定比例，protein environment 决定 pKa 是否偏移。
画 peptide charge 时要分清 backbone amide 和 termini。internal peptide bonds 不按 free amino acid 的 amino/carboxyl pKa 处理；真正需要判断的是 N-terminus、C-terminus 和 ionisable side chains。
原文小点逐条解释
Section titled “原文小点逐条解释”- 原文小点： 忽略 termini。
- 讲解： 这个小点是 pKa/charge-state 答题步骤；要列 ionisable groups、比较 pH/pKa、算比例并考虑 environment。
- 原文小点： 只用 textbook pKa，不考虑 salt bridge/apolar environment。
- 讲解： 这个小点是 pKa/charge-state 答题步骤；要列 ionisable groups、比较 pH/pKa、算比例并考虑 environment。
- 原文小点： 把 His、Cys 这类接近 physiological pH 的 residues 判断得过于绝对。
- 讲解： 这个小点是 pKa/charge-state 答题步骤；要列 ionisable groups、比较 pH/pKa、算比例并考虑 environment。
做题和复习时怎么用
Section titled “做题和复习时怎么用”固定步骤：列 ionisable groups -> 写 pKa -> 比较 pH-pKa -> 标 major protonation state -> 必要时 HH 计算 fraction -> 考虑 salt bridge/apolar effects。
- 只背定义，不解释结构如何导致功能。
- 答题时缺少“因为…所以…”的因果链。