16.5 Enzyme mechanism 题
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答题结构：
- 画 substrate/product/intermediate。
- 指出 acid/base/nucleophile/electrophile。
- 画或描述 transition state charge distribution。
- 说明 enzyme 如何 stabilise transition state。
- mutation to Ala 时区分 kcat 与 Km 的影响。
- 若设计 TSA，说明它模仿了哪些 TS 特征、缺少哪些动态/反应特征。
enzyme mechanism 题考的是你能否把有机化学 arrow pushing 放入 protein active site。active site residue 不是装饰，它们决定 proton transfer、nucleophile formation、electrophile activation 和 TS stabilization。
mutation prediction 要有因果。Ala 去掉 side chain functional group，但保留 backbone；如果 residue 是 catalytic acid/base，kcat 下降；如果是 binding interaction，Km 变大；如果同时参与两者，两个参数都变差。
做题和复习时怎么用
Section titled “做题和复习时怎么用”答案结构：draw mechanism -> label acid/base/nucleophile -> show TS charge -> explain stabilization -> predict mutation effect on kcat/Km -> propose TSA.
- 只背定义，不解释结构如何导致功能。
- 答题时缺少“因为…所以…”的因果链。