CHEM10712 知识点索引

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章节地图

• 0. 课程总图：为什么这些知识点连在一起
• 1. 生命的分子基础与细胞作为 building block
  • 1.1 Biological chemistry 的对象
  • 1.2 生命需要什么
  • 1.3 Prokaryotes原核生物 与 eukaryotes真核生物
• 2. 水、pH、pKa 与生物分子的电荷状态
  • 2.1 为什么“biochemistry is aqueous chemistry”
  • 2.2 Proton transfer 与 Grotthuss mechanism 质子转移与格罗图斯机理
  • 2.3 pH、pKa 与 Henderson-Hasselbalch
  • 2.4 Buffer
  • 2.5 Protein environment 会改变 pKa
• 3. 氨基酸、肽与蛋白质化学
  • 3.1 alpha-amino acids （α-氨基酸） 与 chirality 手性
  • 3.2 Peptide bond 肽键与方向性
  • 3.3 20 种氨基酸的功能分组
  • 3.4 Lys, Cys, Trp 的代表性反应
  • 3.5 Post-translational modification 与非蛋白氨基酸
• 4. 蛋白质折叠、稳定性、动力学与工程化
  • 4.1 Anfinsen experiment
  • 4.2 Levinthal paradox 与 folding landscape
  • 4.3 Misfolding 与 aggregation
  • 4.4 Chaperones 与 GroEL/GroES
  • 4.5 Tm、稳定性与溶液条件
  • 4.6 Disulfide bonds 为什么稳定蛋白
  • 4.7 稳定性与活性的 trade-off
• 5. Coiled-coil 与 protein-ligand binding
  • 5.1 Coiled-coil 的 heptad repeat
  • 5.2 Kd 与 ligand binding
• 6. 糖：monosaccharides、rings、glycosidic bonds 与 reducing sugars
  • 6.1 Carbohydrates/saccharides 的定义与分类
  • 6.2 Monosaccharide classification
  • 6.3 Chirality, D/L 与 stereoisomers
  • 6.4 Ring formation, Haworth, anomers
  • 6.5 Mutarotation 与构象稳定性
  • 6.6 Glycosidic bonds 与 reducing sugars
• 7. Lipids 与 membranes
  • 7.1 Lipid 的定义
  • 7.2 Fatty acids
  • 7.3 Triacylglycerols
  • 7.4 Membrane lipids
  • 7.5 Steroids 与 cholesterol
  • 7.6 Membrane permeability
• 8. 酶：specificity、cofactors、allostery 与 kinetics
  • 8.1 Enzyme 是 macromolecular biological catalyst
  • 8.2 Active site interactions 与 stereospecificity
  • 8.3 Cofactors/coenzymes 为什么重要
  • 8.4 Enzyme control 与 ATCase
  • 8.5 Michaelis-Menten kinetics
  • 8.6 如何从 MM plot 读参数
  • 8.7 Competitive inhibition 与 TSAs
  • 8.8 Enzyme catalysis 的本质
• 9. Metabolism 与 biocatalysis 在课件中的定位
  • 9.1 Metabolism 的核心理解
  • 9.2 Biocatalysis 与 green chemistry
• 10. Origins of life 与 evolutionary principles
  • 10.1 Prebiotic chemistry
  • 10.2 RNA world hypothesis
  • 10.3 LUCA 与 common biochemistry
  • 10.4 Evolution mechanisms
• 11. Nucleic acids、central dogma 与 genetic regulation
  • 11.1 DNA 与 RNA 的区别
  • 11.2 Base pairing
  • 11.3 Central dogma
  • 11.4 Genetic code 与 mutations
  • 11.5 Gene features
• 12. PCR、primer design 与 DNA manipulation
  • 12.1 PCR 原理
  • 12.2 Primer design 基本法
  • 12.3 DNA manipulation 概念
• 13. Recombinant proteins 与 genome editing
  • 13.1 Applications
  • 13.2 Plasmids
  • 13.3 E. coli transformation
  • 13.4 Expression hosts 比较
  • 13.5 CRISPR-Cas9
• 14. Microbial metabolic engineering 与 case studies
  • 14.1 Metabolic engineering 策略
  • 14.2 C1 feedstocks 与 engineered E. coli
  • 14.3 Nanobodies
  • 14.4 Artemisinin production
• 15. Molecular evolution、ALE 与 directed evolution
  • 15.1 DNA variation 如何影响 function
  • 15.2 Adaptive Laboratory Evolution, ALE
  • 15.3 Directed evolution, DE
  • 15.4 Directed evolution case: sitagliptin transaminase
  • 15.5 Laboratory evolution 的应用清单
• 16. 常见考试/答题模式
  • 16.1 pKa/charge state 题
  • 16.2 糖结构题
  • 16.3 脂质性质题
  • 16.4 Kd/MM kinetics 题
  • 16.5 Enzyme mechanism 题
  • 16.6 PCR/primer 题
  • 16.7 Recombinant protein production 题
  • 16.8 Evolution/engineering 题
• 17. 一页总复习